藿香正气水通常建议饭后服用，有助于减少胃肠刺激并提高药效吸收。
藿香正气水含有苍术、陈皮、厚朴等中药成分，可能对胃黏膜产生轻微刺激。饭后胃内存在食物缓冲层，此时服药可降低药物直接接触胃壁的概率，减轻恶心、胃部不适等不良反应。食物中的脂溶性成分还能促进部分药物有效成分的溶解吸收，如广藿香油中的挥发性物质更易在脂肪类食物环境中释放活性。对于胃肠功能较弱或既往有慢性胃炎病史者，饭后半小时服用更为稳妥，此时胃酸分泌趋于稳定，药物与食糜混合后逐步进入肠道吸收。
特殊情况下如急需解暑或医生明确指导时，也可考虑饭前服用。部分急症患者可能出现严重呕吐无法进食，或需快速发挥药效缓解中暑症状，此时空腹服药能使药物迅速进入肠道吸收。但需注意观察是否出现胃痛、反酸等不耐受反应，若症状加重应立即停用并就医。儿童、孕妇及酒精过敏者应严格遵医嘱调整服药时间，避免自行改变用药方案。
服用期间应避免辛辣油腻饮食，忌与头孢类抗生素同服。用药后保持适量饮水，若出现皮疹、心悸等过敏反应需及时停药。建议用药前仔细阅读说明书，储存时避光防潮，开封后尽快使用以保证药效稳定性。
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